O CETREDE foi fundado no ano de 1964, como parte integrante de convênio celebrado entre a Organização dos Estados Americanos (OEA) e o Governo Brasileiro, com sede em Fortaleza, Ceará. As entidades executoras foram o Banco do Nordeste do Brasil S.A. (BNB) e a Universidade Federal do Ceará (UFC). O convênio firmado teve como objetivo a execução do “Programa de Treinamento em Elaboração de Projetos”, destinado à qualificação de técnicos de vários países encarregados de dar suporte às ações direcionadas para o processo de desenvolvimento econômico das regiões mais carentes da América Latina. 

Nos termos do convênio inicial, o CETREDE funcionou até 1972. A partir de 1973, passou a atuar como um centro genuinamente brasileiro. De 1973 a 1977, continuou a receber o apoio técnico da OEA, mediante a atuação de especialistas do seu Programa Interamericano de Projetos. 

Como unidade tipicamente nacional, o CETREDE funcionou na qualidade de Programa, com o apoio do Ministério do Interior (MINTER), Superintendência do Desenvolvimento do Nordeste (SUDENE), Universidade Federal do Ceará (UFC) e Banco do Nordeste do Brasil S.A. (BNB). 

Essas instituições decidiram conferir personalidade jurídica ao Centro de Treinamento em Desenvolvimento Econômico Regional (CETREDE), transformando-o em uma sociedade civil sem fins lucrativos, de direito privado, registrado em Cartório em 10 de abril de 1980.  

Em 1986, o CETREDE passou a contar também com o apoio do Governo do Estado, do Departamento Nacional de Obras contra as Secas (DNOCS) e do Instituto Nacional de Reforma Agrária (INCRA).  

A Instituição ampliou sua faixa de atuação, estendendo suas atividades e direcionando suas ações para o atendimento de demandas específicas de empresas públicas e privadas, mediante o desenvolvimento de projetos de natureza social, educacional e tecnológica. Incorporou novos serviços, com destaque para os trabalhos de pesquisa e consultoria. 

Em 2006, foi reformulado o Estatuto Social do CETREDE, adequando-o ao Novo Código Civil. Nessa oportunidade, houve mudança em sua estrutura organizacional, constando de oito células como estruturas auxiliares da Administração: Célula de Pós-Graduação, Célula de Educação Profissional, Célula de Extensão, Célula de Estudos e Pesquisas, Célula de Serviços, Assessoria e Consultoria, Célula de Controladoria, Célula de Finanças e Célula de Logística. 

Em 2014, celebra-se os cinquenta anos de criação do CETREDE. Uma trajetória de desafios superados e de construção de uma credibilidade irrevogável.